بر اساس اعلام معاونت تحقيقات و فناوري وزارت بهداشت درمان و آموزش پزشكي با توجه به عدم شفافيت در محاسبه شاخص SCImago Journal Rank يا SJR و اشتباهات متعددي كه در شيوه گزارش اين شاخص و نيز سايت Scimago Journal & Country Rank وجود دارد، استفاده از شاخص SJR و چارك‌هاي مجلات مبتني بر آن و نيز اطلاعات سايت فوق در روندها و تصميم‌گيري‌هاي پژوهشي و آموزشي، اعم از ارتقاء و ترفيع اعضاي هيات علمي، تخصيص گرنت‌ها و منابع پژوهشي، ارزيابي‌ها و ارزشيابي‌هاي اعضاي هيات علمي و امتيازدهي مقالات، جشنواره‌ها و انتخاب مجلات و پژوهشگران برتر و مشابه آن توصيه نمي‌شود.  

به جاي شاخص فوق در ارزيابي‌هاي پژوهشي و آموزشي، دانشگاه‌ها مي توانند از شاخص CiteScore كه توسط بانك اطلاعاتي Scopus  به صورت شفاف محاسبه و در پايگاه اطلاعاتي Scopus منتشر مي‌شود استفاده نمايند. علاوه بر آن مي‌توان از شاخص Impact Factor  نيز در اين مورد استفاده نمود.

اطلاعات آخرين ويرايش شاخص‌هاي CiteScore و IF تمامي مجلات و چارك‌هاي محاسبه شده براساس آن در سامانه منبع‌ياب در آدرس https://rsf.research.ac.ir موجود و در دسترس است. لازم به ذكر است كه چارك‌ (Q) هاي سامانه منبع‌ياب براساس شاخص‌هاي CiteScore و IF بوده و ربطي به شاخص SJR ندارد.